• федеральный центр управления и контроля (ГНИИВЦ ФНС России);
• центр управления и контроля (Федеральная таможенная служба России);
• региональный центр управления и контроля (Управление ФНС в субъекте РФ);
• программно-аппаратный комплекс уполномоченного таможенного органа в субъекте РФ (ФТС России);
• программно-технический комплекс производителя этилового спирта;
• программно-технический комплекс производителя пищевой и непищевой спиртосодержащей продукции;
• программно-технический комплекс производителя алкогольной продукции (экспортер или импортер);
• программно-технический комплекс организации оптовой торговли алкогольной и спиртосодержащей продукцией (импортер);
• подсистема мобильного контроля;
• телекоммуникационная компонента;
• федеральные специальные и акцизные марки.

Федеральный центр управления и контроля ЕГАИС
на основании данных, получаемых от комплексов средств автоматизации РЦУК и их обработки, обеспечивает:

• формирование единой базы данных об объемах производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции на территории РФ и контроля правильности начисления акциза с возможностью детализации до субъекта РФ, организации, осуществляющей производство и оборот этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции, или организации, осуществляющей закупку (в том числе, импорт), поставки (в том числе, экспорт) и хранение, вида и наименования продукции; 
• ведение государственного реестра лицензий на производство и оборот этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции и справочника данной продукции российского производства и импортируемой на территорию РФ;
• ведение учета федеральных специальных марок.

Региональный центр управления и контроля ЕГАИС
на основании данных, получаемых от программно-технических комплексов и их обработки, обеспечивает формирование региональной БД об объемах производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции на территории субъекта РФ и контроля правильности начисления акциза с возможностью детализации до организации, осуществляющей производство и оборот этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции, организации, осуществляющей закупку (в том числе, импорт), поставки (в том числе, экспорт), хранение и розничную продажу, вида и наименования продукции.

 РЦУК ведет:

• государственный реестр лицензий;
• справочник этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции российского производства и импортируемой на территорию РФ;
• учет ФСМ, выданных организациям на территории субъекта РФ;
• учет алкогольной продукции российского производства, промаркированной ФСМ организациями, осуществляющими производство алкогольной продукции на территории субъекта РФ;
• учет импортной алкогольной продукции, промаркированной АМ организациями-импортерами на территории субъекта РФ;
• учет алкогольной продукции российского и импортного производства, поступившей в организации, осуществляющие закупку, продажу и хранение алкогольной продукции, а также в розничную продажу на территории субъекта РФ.

Взаимодействие ФЦУК и РЦУК с предприятиями производителями этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции и предприятиями оптовой торговли показано на рисунках ниже.

Спецификация программно-технического комплекса предприятий производителей этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции и предприятий оптовой торговли определена приказом Федеральной налоговой службы России от 01 декабря 2005 года № САЭ-3-07/642@ "Об обеспечении функционирования Единой государственной автоматизированной информационной системы (ЕГАИС)".

Требования к федеральным специальным и акцизным маркам изложены в постановлении Правительства Российской Федерации от 21 декабря 2005 года № 785 "О маркировке алкогольной продукции федеральными специальными марками" и постановлении Правительства Российской Федерации от 21 декабря 2005 года № 786 "Об утверждении требований к образцам акцизных марок".